Nacque vicino a Nagasaki, in Giappone, nel 1611. Figlia di cristiani martirizzati per la loro fede quando era solo una bambina, si consacrò a Dio sotto la guida dei beati Francesco di Gesù e Vincenzo di Sant'Antonio, Agostiniani Recolletti, che la accolsero nell'Ordine come terziaria.
Il suo arrivo nel mondo coincise con l'intensificarsi della persecuzione dei cristiani in Giappone. Quattordici anni prima avevano avuto luogo la brutale tortura, la crocifissione e il rogo di 26 cristiani, tra cui San Paolo Miki. Erano anni bui in cui l'élite al potere giapponese prendeva di mira i kakure kirishitan (cristiani nascosti) per sradicare la fede cattolica dalle loro terre.
Dopo il martirio delle sue guide spirituali, si ritirò sulle montagne, da dove aiutò e istruì le comunità cristiane minacciate. Nel settembre 1634, per sostenere la fede vacillante di molti suoi fratelli e sorelle di fronte ai tormenti di una crudele persecuzione, si consegnò volontariamente ai giudici, proclamandosi cristiana.
Vestiva con l'abito della terziaria agostiniana e portava con sé libri di pietà per la meditazione in carcere. Fu crudelmente torturata, ma rimase ferma nella sua fede. Morì dopo tredici giorni sospesa per i piedi a una forca che si trovava sopra una fossa, quasi ermeticamente chiusa, finché non annegò nell'acqua che saliva all'interno della buca.
Aveva 23 anni.
Santa Maddalena di Nagasaki, vergine e martire, è stata beatificata nel 1981 e canonizzata da San Giovanni Paolo II il 18 ottobre 1987.