Nació cerca de Nagasaki, Japón, en 1611. Hija de cristianos martirizados por su fe cuando Magdalena era tan solo una niña, se consagró a Dios guiada por los beatos Francisco de Jesús y Vicente de San Antonio, agustinos recoletos, quienes la recibieron en la Orden como terciaria.
Su llegada al mundo coincidió con el recrudecimiento de las persecuciones hacia los cristianos en tierras niponas. Catorce años antes tendría lugar la brutal tortura, crucifixión y quema de 26 cristianos, entre los que se encontraba San Pablo Miki. Fueron años oscuros donde la élite gobernante japonesa puso su foco en los kakure kirishitan (cristianos ocultos) con el fin de erradicar la fe católica de sus tierras.
Tras el martirio de sus guías espirituales, se retiró a los montes, desde donde ayudaba e instruía a las comunidades cristianas bajo amenaza. Sería en septiembre de 1634, con ánimo de sostener la fe vacilante de muchos hermanos suyos ante los tormentos de la cruel persecución, se entregó voluntariamente a los jueces, proclamándose cristiana.
Iba vestida con el hábito de terciaria agustina y llevaba libros piadosos para poder meditar en la cárcel. Fue cruelmente torturada, pero permaneció firme en su fe. Murió tras trece días suspendida por los pies de una horca que se alzaba sobre una fosa, casi herméticamente cerrada, hasta que se ahogó con el agua que iba creciendo en el interior del agujero.
Tenía 23 años.
Santa Magdalena de Nagasaki, virgen y mártir, fue beatificada en 1981 y canonizada por San Juan Pablo II el 18 de octubre de 1987.